科學的制度安排，有利于降低交易費用，能使連鎖企業同上游企業和下游顧客建立長期的信任合作關系，使連鎖企業經營取得良好的發展。
1.直營連鎖的制度優勢
(1)規模優勢
直營連鎖是對同屬于某個資本的多個店鋪實行高度統一的經營，特許人對各受許人擁有全部的所有權和經營權，這種制度安排有利于集中力量辦事，可以統一資金調用、統一人事管理、統一運營策略、統一采購計劃等業務，在培養和使用人才、新技術產品開發推廣、信息和管理手段運用等方面，可充分發揮連鎖的規模優勢。
(2)技術優勢
直營連鎖形成一系列運營技術，可以在各連鎖店進行無障礙共享，既有效節約了連鎖店的運營成本，同時也在一定程度上降低了連鎖店員工的聘用標準。連鎖店的工作人員，即便人數較少且有些人能力不強，但因有連鎖總部的技術指導和實時援助，仍然可使店鋪經營達到預期的效果。
2.特許連鎖的制度優勢
特許連鎖經營的制度優勢主要表現在連鎖體系的特許人、受許人、消費者三個方面。
(1)特許連鎖經營對特許人的好處
①既節省了資金，又能獲得擴大市場的機會，提高知名度，加快連鎖事業的發展。
②方便開展新業務，合伙人與其共同分擔商業風險，有效提高連鎖經營的效率。
③特許店成為連鎖體系穩定的商品流通渠道，有利于鞏固和擴大商品銷售網絡。
④特許人可以根據受許人的營業狀況、特許體制和環境變化調整受許對象，從而掌握連鎖經營的主動權。
⑤統一連鎖店的店面設計、店員服裝、商品陳列等，能對消費者和企業界形成統一而強大的市場形象，有助于企業形象和品牌的塑造。
(2)特許連鎖經營對受許人的好處
①缺乏經驗的創業者加入到特許體系中，可以減少經營失敗的概率。
②有效借用特許人的促銷策略。
③以較少的資本開展創業活動。
④經營過程中能夠及時得到特許人的指導，可以持續地擴大和發展事業。
⑤集中于商品和服務的銷售，減少不必要的經營行為。
⑥在和特許方保持步調一致的同時，也能夠快速地適應市場變化。
(3)特許連鎖經營對消費者的好處
①采取標準化的經營模式，使消費者在任何連鎖店都能享受到標準化的、優質的商品和服務。
②受許人通過擴大規模、簡化環節、降低費用，使消費者能夠享受物美價廉的商品和務。
3.自由連鎖的制度優勢
自由連鎖是在保留單個資本所有權的基礎上實行的松散式聯合，各店鋪獨立核算，自負盈虧，其優勢主要體現在以下方面：
(1)獨立性
各連鎖分店有較大的獨立性，經營者的積極性得到保證，能夠迅速地跟蹤市場行情并做出及時有效的調整。
(2)互通性
自由連鎖各分店之間橫向聯系，有利于互相學習、共同發展。
(3)延展性
自由連鎖可以在批發和零售職能相結合的基礎上，引入設計、加工等延展職能，有效提高產品的附加值。
(4)效益性
自由連鎖是由各方集合而成，加盟店可以得到總部利潤中作為戰略性投資的、持續性的利潤返還。
