一、 第一大難題：面臨會員單位的定位不清、戰略不明難題
藥店聯盟的會員單位，都是中小連鎖企業，很多本身就不知道自己以后的路該怎么走，其發展路徑、發展戰略、企業定位不清晰，只想從聯盟中得到一些低價產品或者得到一些資訊、培訓等其它好處。因此全國性聯盟和區域聯盟都將面臨這樣的問題：一盤散沙的會員執行力;聯盟對會員沒有約束力的會員制;雷同的產品品類和沒有利潤的低價產品(這與聯盟為了營運和利潤必須加價銷售，加價少沒有利潤，多了會員又覺得價格高而越過聯盟直接向廠家采購);會員參與多家聯盟以規避競爭的投機去巧行為;會員不知道自己需要什么，因此對聯盟永遠的不滿意狀況等。這些都是中小連鎖的短期內會長期存在的問題，短期內較難解決。
二、 第二大難題：聯盟本身的定位不清晰問題
筆者一直的觀點是：連鎖藥店行業不缺醫藥公司作為其供應商，因此決不能把聯盟做成醫藥公司，否則聯盟就沒有核心競爭力。中國目前還有13000多家醫藥公司;這些醫藥公司具有價格競爭力、快速配送到位能力、品種齊全、區位優勢等。聯盟在這方面沒有競爭力。
聯盟要構建自己的核心競爭力或者優勢，必須從以下幾個方面入手：
構建差異化的品類。必須是獨家品類、獨家廠家、獨家規格的自
有品牌或者總代理品牌供應商。舍此別無他途。目前可行的品類是藥妝品、便攜式器械、保健食品、非基藥目錄內獨家品種、品牌產品的獨家品規等。
聯盟還必須能帶領會員帶來價值：如提升管理理念和水平、提供
管理咨詢輸出服務、提供系列高水平的培訓，會員也必須為此
買單。天下沒有掉下來餡餅，服務需要成本。
如果聯盟僅僅是為了銷售一些低價普藥產品而聯采，則是自己的定位不清晰的表現。必須明白你和一般的醫藥公司不一樣，你必須有所不為才能有所為。
三、 聯盟面臨新醫改沖擊和品牌廠家渠道終端整合沖擊
大家可能大家都意識到了，目前聯盟的高毛利產品，基本上是基本藥物目錄內產品為主，其次還有很多則都是品牌產品的攔截型產品。
這就使得聯盟和藥店一樣，一是面臨基藥物目錄內產品在藥店銷售份額越來越小，逐步退出藥店或者不再成為主流品類問題的困擾。以后的連鎖藥店目標顧客群，老年慢性病患者將隨著新醫改流失到社區衛生機構，他們需要的產品可以免費或者極低的價格從社區衛生機構得到，聯盟就必須跟蹤改變自己的品類架構。而一些專家還在建議聯盟以老年人慢性病產品為主銷售，這是誤導。對于基藥目錄內產品銷售狀況變化，聯盟業務專人跟蹤研究和做出及時的引導和調整。
同時藥店也面臨品牌廠家強力渠道控制沖擊。價格戰不被品牌廠家認可，中小連鎖慣用的競爭手段就是價格戰，你搞價格戰就會失去品牌廠家的銷售支持，而沒有品牌廠家的促銷支持，僅憑自有品牌和高毛利產品大力支撐促銷，高毛利也就變成了低毛利。
目前的聯盟成員，大都是小連鎖企業，既無能力也不愿意承諾一個品牌產品的銷售量，會員間也無法統一進行一些市場運作和營銷From EMKT.com.cn活動活動，因此基本上得不到品牌廠家的支持和讓利是必然現象。
四、 聯盟內部的管理營銷力和約束力缺乏
在一個弱小中小連鎖藥店市場上，每一個省都要組建一個到兩個聯盟，市場有無這么大的容量不得而知。何況各地醫藥公司也在做聯盟，他們先天就有產品優勢。由于聯盟增多，加上內部要相互爭奪會員，必然是通過沒有利潤的價格戰、服務戰爭奪會員，會員沒有準入門檻的腳踩多只船的不忠行為。都在沖擊著聯盟。
聯盟必須是公司制運作，必須是獨立的公司，聯盟對會員必須有強有力的約束監控、制裁能力，這就要求會員都必須投資入股和盡一定責任義務。聯盟還必須有自己的強有力的管理營運總部，有優秀愿意為聯盟盡職盡責的職業經理人，而很小銷售規模的聯盟公司和低價的產品群，使得聯盟又難以給高水平的CEO及其管理團隊較高的待遇，結果是聯盟運作都非常困難。
改變以上狀況唯一可走的路是會員都是股東，必須都出資，同時都盡義務，都必須銷售聯盟的足夠多的產品，先讓聯盟做大做強，才能提供更多的超值服務。才能差異化規避會員和其它非會員的競爭。
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