長期以來，特許經營協議在實踐中被認為屬于平等的民事協議范疇，可以采取仲裁和民事訴訟方式解決相關爭議。修訂后的行政訴訟法和最高院《關于適用<中華人民共和國行政訴訟法>若干問題的解釋》，將特許經營協議界定為行政協議，并適用行政訴訟，導致社會各界對于特許經營協議的性質及其爭議解決機制產生較大爭議。
經過專家研討，本次會議主要達成以下共識：
一、特許經營協議具有特殊性，不能簡單將之劃分為民事協議或行政協議，應當是兩者兼而有之。
特許經營協議并不具有完全行政性質。雖然特許經營協議包含行政因素，諸如土地征收、土地劃撥、運營標準或監管要求等，但大部分內容具有經濟可商議/交易性,包括合同訂立、競爭性談判、磋商、出資、建設、運營、產權擁有、以及雙方的權利義務分配等。
二、將特許經營協議限定為行政協議，并通過行政訴訟法解決有關爭議，不符合實踐需求，也會影響社會投資者特別是外商投資者和民間投資者的投資積極性。
(一)行政協議強調政府方與社會資本方的行政法律關系，突出當事人雙方的不平等性，與特許經營強調的契約精神不符，加劇了社會投資者的疑慮和擔心。
(二)目前法律法規對于行政協議沒有明確界定，其實質要件和邊界也不清楚，缺乏規范引導，存在制度不確定性。
(三)根據行政訴訟法第六十條的規定，除行政賠償、補償以及行政機關行使法律、法規規定的自由裁量權的案件外，行政訴訟不適用調解。這不利于具有協商性質的特許經營協議爭議解決。
(四)行政訴訟法規定，行政案件由最初作出行政行為的行政機關所在地人民法院管轄。社會資本方普遍擔心基于特許經營協議引發的行政訴訟可能會受到當地干預。
(五)長期以來特許經營項目，特別是外商投資或者民間投資的項目大部分約定通過仲裁解決相關爭議。將特許經營協議界定為行政協議，則不能進行仲裁，這將限制特許經營爭議解決機制的靈活性，也不利于通過仲裁實現爭議的有效解決。
(六)實踐中目前已出現為避免行政訴訟而特意簽訂PPP合同，或者項目總體簽訂PPP合同，約定大部分權利、義務，而涉及公共權益的部分單獨簽訂特許經營協議等現象。考慮到在協議中很難對民事或行政內容作出界分，存在一定法律風險。
(七)2015年5月最高院《關于適用<中華人民共和國行政訴訟法>若干問題的解釋》實施后，司法實踐也不盡一致。特許經營協議仍然有被認定為民商事合同的判例，包括最高院發布的相關判例[1]。
三、基于特許經營協議的性質，其爭議解決機制設計應當具有靈活性，不宜拘泥于某一種解決方式。
(一)考慮到仲裁的專業性和中立性，應當允許特許經營協議爭議通過仲裁解決。
(二)應當根據特許經營爭議的性質，而不是簡單以協議的名稱來確定通過何種方式解決。
(三)特許經營爭議解決機制的設計應關注前序協商機制，促進爭議的協商解決。立法中應對爭議解決方式(無論是仲裁還是訴訟)的前置程序以及對爭議解決期間的義務履行進行約定。同時，應通過制度或機制設計，對協議發生爭議后的其他解決條件加強指導。例如，鼓勵在采取法律救濟手段前，先行采取協商方式解決爭議;倡導完善風險分擔機制，將風險分擔細化到協議的每個條款里，從源頭減少和避免爭議等。
四、對于特許經營協議爭議解決機制的設計，國際經驗各異。
(一)英國：遵循判例法，特許經營大多數屬于民商性質，但同時必須遵循一個原則和前提，即保護行政特權，保護國王特權，合同不得束縛政府的未來裁決權。
(二)美國：既有普通法也有成文法，有專門的政府合同，以及負責受理政府合同糾紛的法院。
(三)法國：行政法上將行政職能和政府合法性、政治合法性相連結，與商業性問題區分開。法國對于行政行為實際上靠推定來解決，并不對行政合同進行定義，也并不使用負面清單。即首先處理普通民事里沒有規定的內容。其次采用推定方法，考慮若干方案處理對公共利益、投資人的保護問題，當其他方式無法解決時，用目的、功能來兜底。
此外，我國臺灣2015年修訂的促進民間參與公共建設法明確規定，有關爭議可以仲裁。
