特許經營企業實際上出售的是商標、商號、專利、專有技術等一系列知識產權的使用權，因此對于特許盟主來說，加強知識產權保護尤為重要。
1、商標專用權的保護
特許經營企業應注冊自己的商品商標和服務商標，同時還可注冊和主商標近似的商標，以防止他人假冒自己的商標。如著名的娃哈哈企業，不僅注冊了“娃哈哈”商標，還注冊了“哈哈娃”、“哈娃娃”等近似商標，使圖謀傍名牌者無空可鉆。為了加強商標的保護力度，特許企業可申請認定省級著名商標或全國馳名商標。
2、規范連鎖店名稱，防范經營風險
根據國家工商行政管理局發布的《企業名稱登記管理條例》的規定，不能獨立承擔民事責任的企業分支機構，其企業名稱綴以“分公司”、“分廠”、“分店” 的字樣。也就是說，凡是有“分公司”、“分廠”、“分店”字樣的企業，其民事責任由總公司、總廠、總部承擔。業內人士發現，國內眾多特許經營企業的連鎖店均冠以分店字樣，這對特許盟主即連鎖總部有很大風險，一旦連鎖店出現糾紛，總部就可能承擔民事責任。對第三人來說，判定企業是否是分支機構是靠企業的名稱來判斷的，一旦企業標明“分公司”、“分廠”、“分店”字樣，總公司、總廠、總部就應對分支機構的行為承擔民事責任，即使總公司、總廠、總部和分支機構在合同中約定分支機構獨立承擔責任也不能對抗善意第三人。據業內人士所知，就有一些特許經營總部因加盟商冠以分店名稱而遭受巨大損失。因此，業內人士認為，作為補救措施，律師可建議特許經營總部對連鎖店名稱予以規范，并重新簽定加盟合同、重新辦理工商登記、重新刻制公章、重新簽定房屋租賃合同，同時更換門頭及其他帶有分店標志的物品。
3、加強商業秘密的保護
特許經營企業要長期立足市場，必須加強商業秘密的保護。商業秘密包括經營技術、購貨渠道、專有技術等。特許經營總部應和加盟商及掌握商業秘密的其他人員如廚師、中層干部等簽定保護商業秘密協議，約定他們無論何種原因從特許經營總部或企業離職后的一定期限內(如兩年)不得獨資或合伙開辦與特許總部相同的企業，也不得受聘到這類企業工作。
