特許經營的一個顯著特點，就是將總部的注冊商標及其他象征營業的標識作為特許授權內容允許被特許人使用。因此，特許總部或其關聯公司首先應當是注冊商標持有人（商標權人）。由于在我國采取商標注冊主義，商標權依注冊而產生。注冊主義意味著與商標使用的社會事實相脫離，承認注冊主體創設權利的設權作用。因此，注冊主義不追認已經存在著的社會事實，而由注冊設定獨占排他權，據此形成將來的社會事實并加以保護。在注冊主義下的法制具有如下特色：
① 商標不論有無使用，只要其注冊存在就允許其存續。因此，為了將來使用而預先注冊是可能的，同時，法律不苛求使用義務，承認自始就無使用意思的防護商標。
② 不承認使用主義立法中的擬制使用，即商標一旦得到注冊，溯及申請日視為其使用已開始，在現實中即使不使用該商標對于其申請日后的使用者（除先申請或根據外國申請享有優先權者之外）也具有優先權。
因此，在我國注冊商標的取得并不等同于該商標的實際使用，“商標的使用”意味著在商品的生產、銷售（流通）過程中將商標標識貼付于商品之上。所以，總部在導入特許連鎖系統時，必須注意授權被特許人使用的商標應當是注冊商標。否則，該商標無法成為特許授權的內容，特許人向被特許人收取加盟費、使用費的對價法律關系也就相應受到阻礙。
另一方面，在進行再特許（分特許或國際特許）的情況下，分特許人應當注意獲得商標權人的使用許可。根據商標使用許可協議，總部可以作為被許可人，在該地域使用該商標。例如，便利店連鎖日本7-ELEVEN公司在導入特許連鎖系統時，獲得了美國7-ELEVEN總部的授權許可，以后臺灣7-ELEVEN公司、香港7-ELEVEN公司也是一樣；同樣，中國國內的北京7-ELEVEN授權情況則是由日本7-ELEVEN公司、臺灣7-ELEVEN公司和北京的合作伙伴共同組建的合資公司獲得了授權許可。
（二）、簽訂特許經營合同前的信息披露
在我國，在訂立特許經營合同前，特許人承擔向被特許人披露必要信息的義務至少涉及兩方面的法律法規：一是有關信息披露內容具體要求的《商業特許經營管理條例》、《商業特許經營信息披露管理辦法》；二是基于民法（合同法）誠實信用原則要求的信息提供、披露義務。
根據日本近年的判例，在總部與加盟者簽訂特許經營合同過程中，特許人對被特許人負有“以恰當且客觀地提供信息為內容的誠實信用原則上的保護義務”，并且該項義務因具體的事實關系而有所不同。例如，關于店鋪選址調查、商圈調查、營業收入或投資預算分析預測等信息的提供，特許總部如果沒有將“恰當且客觀的信息”提供予加盟者的話，總部將負有締約上過失責任，應當對由此給加盟者造成的損害進行賠償。所以，作為特許總部在提供市場調查、投資收益分析等信息時，調查手段、方法和依據必須是科學、嚴謹的。
（三）、經營專有技術（商業秘密）的保護將要實行特許連鎖化的企業，實際上應是已有若干直營門店，并在經營直營店的過程中已經積累了經營專有技術。一方面，掌握經營專有技術是特許連鎖總部成功的關鍵，即使有了經營專有技術（包括商業秘密，二者不能等同），如果不采取有效措施加以保護而被競爭對手獲得，總部的競爭優勢將會喪失；另一方面，特許連鎖化的特點也使得總部對經營專有技術（包括商業秘密）的保護較之直營連鎖情形下更為困難。因此，在開展加盟募集活動前，周密地設計經營專有技術的保護措施、建立健全保密制度非常重要。
除在簽訂特許經營合同前，要求被特許人簽訂保密協議、繳納保證金外，在特許經營合同履行中，還應當規定加盟者及其員工負有保密義務，不得將自總部處得到的特許經營合同法律文件、商務文件進行復制、傳播或交給其他競爭對手；同時，在特許經營合同中還應加入競業禁止條款。
（四）、特許經營合同的穩定性
由于特許經營合同是與多數加盟者簽訂的，它具有特許授權條件上的統一性、全體加盟者的平等性、總部與各個加盟申請人交涉合同條款時不得進行大幅修改等特點，所以，在特許連鎖系統創立初期的合同條款與系統步入成長期后的合同條款，在實質上不應存在差異。在特許連鎖導入初期，應從特許經營體系發展的立場制定特許經營合同。
此外，什么是特許連鎖系統發展中的重要內容？特許經營合同應當如何規定？為避免將來發生糾紛應當采取何種預防措施？這些都是總部在創立特許連鎖系統初期，應當通過特許經營律師來解決的問題。同時，在美國、日本等特許經營發達國家，司法實踐中已經積累了大量判例，對有關特許經營糾紛的類型、判例法理的研究，也可以作為現在制作特許經營合同的借鑒。
