單店運營管理流程就是為單店輸出系統提供一系列有邏輯關系和有價值的工作流程，它分為主流程和輔流程兩部分。單店運營管理流程的設計包括兩項最基本的任務：一項是對主流程和輔流程進行科學的設計，另一項是對主流程和輔流程、高效的完成提供組織保障。
(1)商品零售型單店的運營管理流程設計。在零售型單店中，運營管理的核心是向消費者和顧客直接銷售商品，提供最直接的價值，因此商品管理流程就是它的主流程，包括商品計劃、進貨、庫存、商品陳列、銷售、信息反饋等具體項目。而賣場管理、促銷管理、客戶管理、客戶服務、人員培訓、財務管理、競爭店調查等均為輔流程，它們是支持商品管理流程的依托，其流程朝向主流程。
(2)服務型彈道的運營管理流程設計。在服務型單店中，營運管理的核心是向消費者直接提供各種服務，因此服務計劃、服務管理就是它的主流程，具體包括運營計劃、產品設計、廣告宣傳、服務項目、產品銷售、信息反饋等項目。而產品供應和倉儲、物流運輸、促銷、客戶管理、人員培訓、財務管理及競爭店調查等就是輔流程，它們是支持服務計劃與管理流程的依托，其流程朝向主流程。
(3)單店組織結構的設計。單店組織結構的設計就是根據單店主輔流程的設計情況來確定各個工作崗位及崗位工作的職責，涉及組織結構、人員崗位及編制、崗位職責、員工工資等內容。
一般而言，小型單店只設三四個人(包括店長和店員)，組織結構簡單，分工不細;而大型單店，比如大型超市，可能設有幾十人或上百人，其組織機構健全、分工細致、部門眾多、管理有序，可以保證商品銷售和服務提供沒有死角。但是，如果管理不善，容易導致人浮于事，經濟效益下降的弊端。所以，加盟到特許經營體系中的每一個單店不僅要重視運營管理主輔流程的設計，更應該對組織結構進行科學的設計，以保證對各個部門職責的劃定，對人員數量編制的確定，對相應崗位的責任和薪金標準的確定，據此就可確定出單店的全部人工成本。
