1.定義不同
直營連鎖經營，其含義是指同一資本所有，經營同類商品和服務，由同一個總部集中管理領導，共同進行經營活動的組織化的零售企業集團。歐美一般要求連鎖店的數目要在11個以上。這個定義中的關鍵是同一資本所有，這也是區別連鎖店與其它經營形式的標準。我們從中可以看出特許經營與連鎖經營的本質上是不同的。
2.管理模式不同
特許經營的核心是特許權的轉讓，特許人是轉讓方，受許人是接受方，特許體系是通過特許人與受許人簽訂合同形成的;各個加盟店的人事和財務關系是獨立的，特許人無權干涉;受許人需要對特許人授予的特許權和提供的服務以某種形式支付報酬。而直營連鎖經營中，總部對各分店擁有所有權，對分店經營中的各項具體事務均有決定權;分店完全按總部意志行事。
3.產權構成不同
特許經資本是相互獨立的。而直營連鎖是同一資本所有，集中管理，高度組織化的零售企業。
4.涉及的經營領域不同
特許經營的范圍是商業、零售業、服務業、餐飲業、制造業、高科技信息產業等。而直營連鎖的范圍一般僅限于商業和服務業。
5.法律關系不同
在特許經營中，特許人與受許人之間的關系是合同雙方人的關系，雙方的權利和義務在合同條款中有明確的規定。而直營連鎖中的總部與分店之間的關系則由內部的管理制度進行調整。
6.動作方式不同
在特許經營中，特許人與受許人之間的的關系是合同雙方當事人的關系，雙方的權利和義務在合同條款中有明確的規定。而直營連鎖中的總部與分店之間的關系則由內部的管理制度進行調整。
7.發展方式不同
特許經營通過吸收獨立的商人加入而擴大體系，特許人不僅需要吸引潛在的受許人，還需選擇受許人，并為受許人提供培訓等服務;而直營連鎖欲擴大規模只需進行市場調查，選擇合適的地點，并籌集到足夠的可以了。同時，由于發展的方式不同，特許體系的擴展速度要比連鎖經營快許多。對總部而言，一般特許經營由于利用了他人的資金，擴大了產品的市場占有率，所需的資金較少。相比之下，連鎖經營的發展更易受到資金的限制。
