連鎖經營最大的難題是如何進行統一、系統的管理，因此不少公司往往采用統一的標準，但還是可能發生不少的問題，造成這種問題的主要原因，一方面是人，另外一個方面是地域因素。
無論多么完美的管理標準也不見得會達到完美的結果，制度終究是由人執行，并且來監管另外的人。因此管理結果的好壞，每個連鎖店的管理者和基層員工是起決定性的關鍵。兩者有一方沒有嚴格執行，管理都會出現問題，而這也是連鎖經營當中經常出現的情況。其中連鎖店的管理者又起到決定性作用，管理者是否作為，影響著整個店的經營狀況。
很多連鎖經營的企業在進行培訓的時候，受訓的對象也是以這類單店管理者為多，目的就是讓管理者能夠按照既定的標準來管理每個店的經營。但新的問題是，如果所有的管理者都能夠按照標準來執行，各個店可以保證問題不會產生，但業績還是會受到影響。
毫無疑問，影響業績的關鍵就是地域因素，也就是消費者的消費行為和消費心理的差異。連鎖經營覆蓋面廣，跨地域經營，所面對的消費者是有一定差異的。這種差異是所有跨地域經營的企業都需要考慮的。所以如果各個連鎖店都按照統一的標準來進行管理、，難免會無法融入到當地的文化當中，對經營會造成影響。
最適合的方法，無疑是基于每個店的管理者一定的自由度，可以結合當地的情況進行適當的變通，采取符合當地情況的管理方法。但真正讓企業管理者矛盾的地方是度的把握。放任過度，會失控;過緊，管理僵化。
因此，企業的管理者可以給予每個店長一定的權限，給予其一定的自主決定權，這樣可以讓店長靈活的結合當地情況進行管理。同時還要做一定的限制，例如部分事情的審核、報批流程，避免失控的現象。對企業管理者來說，最為關鍵的是保持雙方信息的真實性和透明度。比如企業的管理者只有對單店當地的情況有一定的了解，才能判斷該店的經營策略是否符合要求，如果雙方信息失衡，透明度很差，長久以來，就很容易造成矛盾的產生。
但這里有一個問題需要解決：店的管理者熟悉當地信息，但可能缺乏一定的決策能力;相反，總部的管理者可能具備決策能力，但可能并不熟悉當地信息。因此雙方就應該建立一個良好的溝通和反饋機制。這里可以采用現代的溝通工具，也可以在組織結構或崗位職能中加入相應的崗位或職能。例如很多連鎖經營店都有督導的職位，督導除了進行一些檢核、考察的工作內容外，還應該充當了解當地消費者的信息，充當總部與單店之間的信息官角色，這樣既可以向總部反饋單店的執行情況，讓總部對單店有更多了解，也可以承擔單店與總部之間溝通的橋梁，讓總部了解單店實際經營中的難題。
