特許經營與行政許可的關系直接牽涉特許權是否是一種行政許可，特許經營合同是否是行政合同。關于特許權和特許經營合同的性質，一直存在私法和公法性質的理論之爭，至今理論上尚無定論。但實踐中，由于新修訂的《行政訴訟法》以及最高人民法院公布的《關于適用〈中華人民共和國行政訴訟法〉若干問題的解釋》明確將特許經營協(xié)議納入行政協(xié)議的范圍，特許經營協(xié)議的公法性質恐怕沒那么容易改變。
在特許經營協(xié)議列入行政協(xié)議范圍的前提下，特許經營權被認為是一種行政許可權也在所難免。《行政許可法》第12條第(2)項提到的“公共資源配置以及直接關系公共利益的特定行業(yè)的市場準入等，需要賦予特定權利的事項”即被認為是政府特許經營項下的特許事項。人大法工委《行政許可法釋義》明確說明：“專營權利的賦予，即特定行業(yè)的市場準入，主要是公用事業(yè)服務等行業(yè)，如自來水、煤氣、電力、電信、郵政等與人民群眾日常生活、公共利益密切相關的行業(yè)。這些行業(yè)由于其整體性和統(tǒng)一性的特點，無法放開競爭，放開競爭容易影響其服務效能。因此，進入這些行業(yè)要實行準入制度，要設定比較高的門檻，以使進入者能為公眾提供優(yōu)質服務。”
盡管特許經營權被認為是行政許可的一種，但特許經營和行政許可存在重大區(qū)別，在理論和實務中，似乎更應該遵循民法的原則和精神處理特許經營權的相關問題。
(1)行政許可系政府基于公民、法人或其他組織申請，經審查，準予其從事特定活動的行為。而特許經營是政府將本應由其行使的公共事務管理職能通過特許方式轉移給社會資本行使，因此，更多的時侯是政府先發(fā)起特許項目，由社會資本選擇是否參與，更體現(xiàn)了雙方的平等性。
(2)行政許可下，被許可方從政府取得從事某種活動的權利并不需要支付對價，有些行政許可(例如探礦權)雖然要求被許可方履行一定義務，但該類義務通常是維持行政許可的最低義務。而特許經營下往往要求被特許方承擔一定投資義務作為獲取特許經營權的對價。
(3)行政許可下，行政許可權的授予不存在談判的余地，基本屬于政府的單方面決定事項。而特許經營的安排則通常是政府和社會資本談判的結果。
(4)行政許可項下通常不需要政府和被許可方簽訂合同，但特許經營要求政府和社會資本簽訂特許經營合同，通過合同規(guī)范特許權的具體實施事項。
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