在項目的立項和審批階段，首先需要發展改革、規劃、土地、環境保護部門對項目進行審批。
2004年03月19日，建設部(2008年3月15日，根據十一屆全國人大一次會議通過的國務院機構改革方案，“建設部”改為“住房和城鄉建設部”)發布《市政公用事業特許經營管理辦法》。該文件第二條規定：“本辦法所稱市政公用事業特許經營，是指政府按照有關法律、法規規定，通過市場競爭機制選擇市政公用事業投資者或者經營者，明確其在一定期限和范圍內經營某項市政公用事業產品或者提供某項服務的制度。城市供水、供氣、供熱、公共交通、污水處理、垃圾處理等行業，依法實施特許經營的，適用本辦法。”要求通過市場競爭機制選擇市政公用事業投資者或者經營者;
第八條 主管部門應當依照下列程序選擇投資者或者經營者：
(一)提出市政公用事業特許經營項目，報直轄市、市、縣人民政府批準后，向社會公開發布招標條件，受理投標;
(二)根據招標條件，對特許經營權的投標人進行資格審查和方案預審，推薦出符合條件的投標候選人;
(三)組織評審委員會依法進行評審，并經過質詢和公開答辯，擇優選擇特許經營權授予對象;
(四)向社會公示中標結果，公示時間不少于20天;
(五)公示期滿，對中標者沒有異議的，經直轄市、市、縣人民政府批準，與中標者(以下簡稱“獲得特許經營權的企業”)簽訂特許經營協議。
第八條要求在獲得特許經營權的程序上政府須向社會公開發布招標條件，對特許經營權的投標人進行評審，初選公示無異議后方可與中標人簽訂特許經營權協議。這一程序基本上沿用了招投標法的規定，其要旨是競爭和公開。
然而，中國的招投標法在制定時基本上考慮的是建設工程招投標的需要，但特許經營招標要比工程招標復雜許多。
首先，與工程招標不同，特許經營招標一般沒有也無法設定標底。因為建筑工程的標底明確，我國國內工程施工招標的標底，應在批準的工程概算或修正概算以內，招標單位用它來控制工程造價，并以此為尺度來評判投標者的報價是否合理，中標都要按照報價簽訂合同。而特許經營項目如污水廠的建造，用什么污水處理技術、適用什么環保標準，差異很大，標底無法設定。
其次，特許經營項目招標無法像工程招標那樣基本上鎖定技術、法律和財務邊界條件，只開放價格競爭;特許經營項目投標人的技術、財務和法律條件各不相同，很難單以價格論優劣，評標選出的不是中標人，而是排名;在評標后還要通過談判確定中標人。
再者，特許經營項目因時因地而異，其邊界條件多且復雜，變數很大，其文件很難像工程項目一樣高度標準化，評審時變量因素很多，其招投標時間比工程招投標要長許多。
最后，特許經營項目運營期長達數十年，不像建設工程項目兩三年就能完工。合格的特許經營者一般是以運營見長的實體，或者至少應是運營上和投資商、建筑商的聯合體，單純的建筑商是很難勝任特許經營項目的。
由于特許經營項目的門檻和復雜程度遠高于工程建設項目，在市場上合格的實體遠少于單獨的建筑商，時常會發生投標少于三人的情況。如果固守工程招投標的規則，往往會導致反復招標或流標，造成人力、物力和時間上的浪費。因此，允許采取不限于招投標的多種競爭方式選擇特許經營者，是符合此類項目的性質和市場現狀的，也是符合建設部要求通過競爭選擇投資人的原則的。[1]
所以，地方政府的相關文件并不要求采取招標作為確定特許經營者的唯一方式。《北京市城市基礎設施特許經營條例》第十一條規定：“實施機關按照實施方案，通過招標等公平競爭方式確定特許經營者并與之簽訂特許經營協議。”《湖南省市政公用事業特許經營條例》規定要求通過招標等公平競爭方式選擇特許經營者。《深圳市公用事業特許經營條例》規定：“市政府應當采取招標、拍賣等公平競爭的方式，按照有關法律、法規的規定，公開、公平、公正地將某項公用事業的特許經營權通過頒發特許經營授權書(以下簡稱授權書)的形式授予符合條件的申請人。”“通過招標、拍賣等方式不能確定經營者的，市政府也可以采取招募方式確定經營者。”“招募，是指市政府將擬授權經營的公用事業公告后，由市政府或者其委托的機構向申請人發出邀請，通過審慎調查和意向談判，確定經營者候選人，提交專門設立的評審委員會確定優先談判對象，通過談判確定經營者。”
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