《商業特許經營管理條例》要求特許經營合同應當明確約定特許經營費用的種類、金額和支付方式。特許經營費用可分為一次性費用、定期性費用和不定期費用三大類。1. 一次性費用——加盟金、保證金。
被特許人在與特許人簽訂特許經營合同時交納的一次性費用，稱為“特許權初始費用”（initial fee），在我國習慣稱為加盟費或加盟金。加盟費是對與加盟者簽訂特許經營合同的特許人給予的利益報償，它是特許經營授權的主要對價。具體而言，它是根據合同約定加盟者獲得特許人合同期限內在授權地域內營業許可（包括地域設定、特許授權和被特許人資格三個方面）的報酬、簽訂合同時特許人披露經營訣竅的報償，并且，也是加盟者在開店準備中，總部將為加盟店提供店面裝潢設計、店鋪選址調查、商圈調查、教育培訓等的報償。
按照《條例》的要求，在制作特許經營合同時，有關加盟費的數額、支付方法、有無返還和返還的條件等應在合同中詳細說明。
此外，需要注意的是，不同的總部依其經營模式的不同，加盟費收取數額會有很大差異。有的特許人一旦收取加盟費將不予返還，多數特許經營合同會做出如此規定；有的規定在一定場合下應當返還部分或全部。同時，有的特許總部在加盟費之外，有關店鋪選址、開店準備、開店指導等要另行收費。在簽訂合同時，對具體內容有必要進行確認。按照《條例》的要求，開業前的培訓費、市場調查費等是否包括在加盟費內的，在該特許經營體系中是不是要另行收取，合同當事人應在合同中明確約定。
可歸入一次性費用分類中的還有保證金、合同更新費用（手續費或合同金、二次加盟費等）以及合同終止時的費用（招聘、展品等撤除的費用）等。
2. 定期性費用——使用費。
使用費是在特許經營合同期間，被特許人向特許人交納的定期費用，主要是在合同期間內被特許人向特許人定期支付的費用，包括商標和標識持續使用費、專有技術使用費、經營指導費、定期的廣告分擔費用。
在經營指導型特許經營體系中，使用費是特許人向被特許人提供特許組合的部分對價（除加盟費以外的部分），進一步講，可將其視為專有技術的提供和商標使用許可的對價。
在美國，有關使用費的計算方法有多種，大致可做如下分類：
第一，百分比（percent）方式：這其中包括銷售額（sales, revenue）基準方式和營業總收入(gross margin)基準方式。
第二，固定額（flat rate）方式：例如，每月300美元。
第三，購入額關聯（inventory related）方式：以被特許人自特許人購入商品的金額為基準進行計算。
第四，交易額關聯（transaction related）方式：發生租賃業務時，按關聯交易額計算。
第五，其他(other)。
第六，無使用費（no royalty fee）。
在日本，使用費征收方式可劃分為三類：
第一，銷售額基準方式：由加盟店總銷售額乘以一定比率而算出，是較多見的方法。
第二，利潤分配方式：由加盟店獲得的營業總收入（毛利）乘以一定比率而算出，是部分便利店特許連鎖采用的方法，例如日本7-11便利店連鎖。
第三，固定額方式：設定一定金額作為使用費。這種方式又包括兩種形式，一種是對所有加盟者征收統一數額的使用費；另一種則是根據營業面積，劃分為若干等級。多數餐飲連鎖采用此種方式。
3. 不定期對價——其他費用。
不定期對價是定期性對價以外的全部費用的總稱，包括各種手續費、派遣人才費用、商品和原材料的結算價款等等。對于相關費用的支付或結算方法，在特許經營合同中也有必要進行專門規定。
由于《條例》對特許經營合同記入特許經營費用的種類、金額及其支付方式的約定有明確要求，所以，在制作、訂立特許經營合同時，尚須注意如下問題：
第一，涉及加盟店與特許總部間的資金結算，可供選擇的支付方式有多種，現金、銀行匯款、支票轉帳、匯票、抵銷等支付方法都可采用。到底采取怎樣的方法應在特許經營合同中明確約定。
第二，在特許經營合同中，通常要對支付日期做出具體規定。加盟費、保證金在合同成立時應當支付，使用費在日本通常是每月支付一次，在美國多數是以周為單位每星期支付一次。
第三，如果使用費是按照銷售額的一定百分比計算的，那么就必須確定銷售額。這樣，在特許經營合同中，也需要設定專門條款對銷售額的意義、計算方法、計算書的交付等做出專門規定；并且應當規定被特許人有記賬并妥善保管賬簿的義務、應特許人的要求有披露財務賬冊的義務。
第四，便利店連鎖的特殊情況。在日本，SEVENELEVEN JAPAN （日本7-11）、FAMILYMART（全家）、LAWSON（羅森）三大便利店連鎖鼎足而立。2004年12月11日以后，隨著中國對外資進入流通領域從事特許經營的解禁，外國企業在華設立100%外資的特許總部已成為可能。FAMILYMART計劃向社會募集加盟店，合同期限5年，加盟費6萬元，將首先進入北京、廣州、大連、天津，到2008年計劃在中國五大城市形成1000家店面的規模。LAWSON則計劃將目前的200余家直營店的90%轉為特許加盟店，計劃2010年在上海附近形成擁有2000家店面的規模。此外，便利店連鎖巨頭SEVENELEVEN JAPAN在北京也會大有作為。
與一般特許連鎖不同的是，便利店連鎖通常采取“利潤分配制度”，這涉及到復雜的計算，必須要有完備的會計制度，同時，依照怎樣的比率進行分配需要投資人與特許總部協商。
