特許人和被特許人從理論上講是平等主體，但是從現實情況來看，特許人在維持特許經營體系中占有主導地位。從目前司法實踐接觸的特許經營合同糾紛案件來看，多數是由不誠信的特許經營企業而引起的。當然這只能反映出目前國內特許經營行業確實存在魚龍混雜、魚目混珠的局面，侵犯了若干中小投資者的利益。因此，在審理特許經營合同糾紛案件中需要遵循以下原則:
第一，尊重合同自治，適當保護相對弱勢的被特許人。特許經營合同作為雙方真實的意思表示，必須予以尊重。但是考慮到，特許經營合同多是由特許人事先擬制，條款固定，被特許人較少能夠在合同條款磋商上發表自己的意見，對于嚴重損害被特許人利益的條款應否認其效力。
第二，合理分配舉證責任，合理進行釋明。被特許人舉證證明特許人構成欺詐、虛假宣傳、未履行信息披露義務時，考慮到被特許人實際的舉證能力，合理分配舉證責任，通過舉證責任的轉移來平衡雙方訴訟關系。很多被特許人起訴并不明確是合同無效還是撤銷合同亦或解除合同，此時需要法官及時行使釋明權，根據基本案情引導當事人調整訴訟請求。對于合同被確認無效、被撤銷或被解除后的法律后果，法官也應及時釋明，在當事人同意的情況下，可以在一個案件中一并處理，減輕當事人的訴累。
第三，處理好關聯性案件，爭取做到法律效果和社會效果的統一。特別是由于特許人的特許經營體系出現問題，導致大量被特許人退出特許經營體系的情況，特許人很可能是圈錢走人的影子公司，法院對于此類涉及群體性的案件，根據當事人的申請及時作出財產保全等措施，對案件裁判結果能夠保證社會的和諧穩定。
特許經營是對成功企業的復制，它是減少被特許方初期投入的風險，也是快速擴大特許方品牌效益的有效捷徑。如果這種模式正常發展，其效果應該是達到雙贏的。現階段我國中小企業發展特許經營，應特別注意企業自身定位問題。企業如果希望通過從事特許經營來擴張規模，首先，應該把企業自身品牌做好、做強。企業只有具備良好的經營資源(包括品牌、經營模式等)，才具備授權他人復制的資質。其次，特許企業應具有等價觀念。尤其是現在中小型企業從事特許經營，往往抱著短期獲利的思想，希望規模快速鋪開收取特許費用，但又不愿履行諸如指導、培訓、監管的義務，導致很多特許企業從剛開始鋪天蓋地的廣告、全國各地發展加盟商，短短一、兩年加盟商紛紛失敗，特許企業也訴訟纏身，落得兩敗俱傷。最后是特許企業應具備長期發展觀念。只有具備長遠目光，才能有計劃的擴充規模，是特許方和被特許方在互相融合的過程中共同發展。
